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各距離に応じた非課税限度額は↓↓↓のページに
国税庁：通勤手当の非課税限度額の引上げについて

こちらの適用については、平成２６年４月１日以降に支払われるべき通勤手当から適用されます。
この改正は平成２６年１０月にされたものですので、４月から９月までの通勤手当については遡って適用することが可能です。

例えば、片道２キロメートル以上１０キロメートル未満の場合は、非課税限度額が4,100円から4,200円に引き上げられています。

この場合
①４月分～９月分の差額（100円×６月＝600円）を支給した場合
　　所得税は課されません
②４月～９月に通勤手当として5,000円支給していた場合
　　４月～９月は4,100円が非課税、900円が課税として源泉徴収計算されているため
　　４月～９月を4,200円が非課税、800円が課税として年末調整で再計算します。
　　つまり、年末調整時に600円分給与所得を減らして所得税を計算し、従業員さんへ還付することとなります。

詳細につきましては、お気軽にお問い合わせください。